第一、清洁生产水平普遍较低。我国医药化工行业相较国外，技术水平与生产设备水平还有很大差距。我国医药化工行业准入门槛普遍低，这无疑使大部分规模小、技术薄弱、 人力物力都相对较差的公司进入了医药行业，这也必然会导致一些清洁生产措施不能落实到位，生产技术管理水平等也跟不上时代。

第二、对水不溶性溶剂，缺乏经济且可行的尾气处理。目前比较完善的水不溶性溶剂尾气处理一般有冷凝法、有机溶液直接吸附法、碳纤维直接吸附法等。冷却工序体系单一简易，投入较小，运营成本低，但冷凝效率差。有机溶剂吸收法和高活性碳纤维气体吸收法的处理效率较好、投入大、运营成本高，但目前还只用来解决在不溶于水的溶液中的尾气处理利用价值。所以，发展更经济有效的水不溶性VOC废气处理工艺技术将是未来发展的主要方向。

废气处理中不溶于水的溶剂用量少。在当时缺乏廉价高效的标准水中不溶性VOC废气处理技术的状况下，多数公司都通过一种简易的废气处理装置，来完成标准水中不溶性溶剂的废气排放。不过，这种简易的废气净化系统却具有很明显的弊端，无法长时间稳定工作，因此主要用作环保检测。 比如，碳纤维吸附法就没有去考虑碳纤维的再生问题，柴油吸附工艺不考虑对汽油残渣的处理。但一些医药和化学企业则采取了控制产品、暂停生产和防止紧急情况来执行环保规定，或者稍微放宽了一些环境监管，污染就会恢复，这也不利于长期环保问题的解决。

第三、VOC 废气排放没有具体标准。由于医药化工行业释放的溶剂残留气体成分复杂、有机污染物多样，目前医药化工行业的环保标准部分限制了医药化工行业产生的废物空气修复工作的效果。有些医药化工企业的废气排放可能达到标准，有些就可能超标，这样就会影响到周边环境。

第四、环境监测困难。一是药品品种多、批量小、升级快。环保部门来不及了解生产实际情况，对污染物排放也来不及检测，可能一些医药公司就进行产品更新换代了，而有些也可能改变单元设备，而进行其他产品作业，这其间难免有些废气排放不达标，可是，企业迫于生存压力，却隐瞒不报。其次，溶剂的尾气排放是间歇性的，并且扩散迅速，因此很难获得证据来确定何时会发生尾气事故。再就是，现有的环境标准和技术规范体系难以支撑环境监测。由于对药物和化学品产生的烟雾处理污染物的性质和技术缺乏完整的了解，导致一些专门用于环境法管理的简单烟雾处理系统长期存在。